Een veelvoorkomende valkuil is dat een risicobeoordeling vooral wordt uitgevoerd omdat de wet dit vereist of omdat een opdrachtgever erom vraagt, in plaats van als middel om structureel te verbeteren. De organisatie grijpt dan pas in nadat er iets is misgegaan en houdt de risicobeoordeling niet actief bij. Er is geen procedure om deze te herzien en niemand voelt zich hier echt verantwoordelijk voor.
Ook worden generieke en verdiepende risicobeoordelingen soms los van elkaar uitgevoerd, zonder dat de organisatie ziet hoe deze op elkaar aansluiten en elkaar juist zouden moeten versterken. Een andere valkuil is dat een taakrisicoanalyse alleen wordt opgesteld wanneer de opdrachtgever dit expliciet voorschrijft, in plaats van dit als vanzelfsprekend onderdeel van elk project te beschouwen, ongeacht de eis van buitenaf.
Tot slot wordt de uitkomst van een risicobeoordeling niet altijd besproken met de mensen die het werk daadwerkelijk uitvoeren, waardoor een risicobeoordeling een document op papier blijft in plaats van kennis die leeft op de werkvloer.