In de praktijk gaat de inrichting van het kwaliteitsmanagementsysteem nog te vaak mis. Organisaties schrijven eenmalig een handboek dat weliswaar aan de norm voldoet, maar niet aansluit bij de werkelijke werkwijze, waardoor het al snel niet meer wordt geleefd.
Ook wordt het systeem vaak ingericht vanuit de afdelingsstructuur, terwijl processen dwars door afdelingen heen lopen en juist op die knooppunten ruimte voor verbetering ligt. Wanneer afdelingen uitsluitend binnen hun eigen grenzen optimaliseren, ontstaat suboptimalisatie. Goede resultaten op afdelingsniveau, terwijl het proces als geheel niet verbetert.
Daarnaast wordt nog te vaak gestuurd op onderbuikgevoel in plaats van op data. Het gevolg is een systeem dat voldoet op papier, maar geen rol speelt in de daadwerkelijke besturing.