In de praktijk gaat de stakeholdersanalyse nog te vaak mis. Organisaties stellen eenmalig een lijst belanghebbenden op voor de audit en laten deze vervolgens jarenlang ongewijzigd liggen, terwijl relaties en verwachtingen veranderen.
Ook wordt de analyse vaak neergelegd bij de kwaliteitscoördinator, terwijl juist de directie het overzicht heeft om belangen en invloed van uiteenlopende partijen in samenhang te beoordelen.
Daarnaast blijft de analyse regelmatig een opsomming van namen zonder vertaling naar concrete eisen of acties. Ook wordt wet- en regelgeving te smal ingevuld, terwijl sectorspecifieke normen en Europese richtlijnen minstens zo bepalend zijn. Het gevolg is een lijst die voldoet op papier, maar geen rol speelt in de daadwerkelijke besturing.